Genomszintű DNS-metilezési elemzés obszesszív-kompulzív rendellenességben szenvedő betegeknél | tudományos jelentések

Genomszintű DNS-metilezési elemzés obszesszív-kompulzív rendellenességben szenvedő betegeknél | tudományos jelentések

Anonim

témák

  • DNS-metilezés
  • Obszesszív-kompulzív zavar

Absztrakt

Az irodalom azt sugallja, hogy nemcsak a genetikai, hanem a környezeti tényezők is interaktív módon magyarázzák az obszesszív-kompulzív rendellenesség (OCD) érzékenységét. A DNS-metilezés szabályozhatja a gének expresszióját, mint örökölhető epigenetikus módosítást. A genom egészére kiterjedő DNS-metilezés vizsgálatát 65 OCD-beteg, valamint 96 egészséges kontroll alany vérmintáin végeztük. A DNS-metilezést több mint 485 000 CpG-helyen vizsgáltuk meg az Illumina Infinium Human Methylation450 BeadChip alkalmazásával. Ennek eredményeként 8 417 próbát, amely 2190 egyedi génnek felel meg, differenciálten metilezték az OCD és az egészséges kontroll alanyok között. Ezek közül a gének közül 4 013 lókusz található a CpG-szigeteken, 2478 pedig a promoter régiókban. Ide tartoznak a BCYRN1, BCOR, FGF13, HLA-DRB1, ARX stb. , Amelyekről korábban beszámoltak OCD-vel kapcsolatban. Út-elemzések azt mutatták, hogy az aktin citoszkeleton, a sejtadhéziós molekulák (CAM-ok) szabályozása, az aktin-kötés, a transzkripciót szabályozó aktivitás és egyéb útvonalak további kapcsolatban állhatnak az OCD kockázatával. A 3000 legváltozatosabb szonda felügyelet nélküli csoportosítási elemzése két különálló csoportra derült fényében, ahol szignifikánsan több OCD az első klaszterben a kontrollhoz képest (az esetek 67, 74% -a, szemben a kontrollok 27, 13% -ával, Chi-négyzet = 26, 011, df = 1, P = 3, 41). E-07). Ezek az eredmények határozottan arra utaltak, hogy a differenciális DNS-metilezés fontos szerepet játszhat az OCD etiológiájában.

Bevezetés

Annak ellenére, hogy az obszesszív-kompulzív rendellenesség (OCD), mint krónikus neuropszichiátriai rendellenesség, a világ 1, 2 népességének 2% -át érinti, eddig nem álltak rendelkezésre pontos biomarkerek, amelyek segítenék a klinikust e rendellenesség azonosításában. Úgy tűnik, hogy a társadalmi, genetikai és munkafunkciókkal való jelentős kölcsönhatások fontos szerepet játszhatnak az OCD patogenezisében. A családi tanulmányok azt mutatták, hogy az OCD kockázata négy-tízszeresére növekedett a betegek első fokú rokonai között, egészséges kontrollokkal összehasonlítva. Az összekapcsolódási vizsgálatok a 3q, 9p, 10p, 15q, 4q és 19q kromoszómákat azonosították az OCD kapcsolódási régióinak. Az asszociációs tanulmányok arról is beszámoltak, hogy a DLGAP1, BTBD3, SLC64A, 5HT2A, DRD4 stb., Mint vonzó érzékenységi gének az OCD-re. Másrészt arról számoltak be, hogy a környezeti kockázati tényezőkről, mint például a B12-vitamin, a flotát, a homocisztein és más, fontos szerepet játszanak az OCD 3 patogenezisében. Ezenkívül a gyermekkori trauma, különösen az érzelmi visszaélés és az elhanyagolás szintén növeli a hangulati rendellenességek kockázatát 4 .

Noha az egyének genomszerkezete eredendően rögzített az egész élet során, az epigenetikus mechanizmus bebizonyosodott, hogy szerepet játszik a gén expressziójának szabályozásában. Hillemacher et al . arról számoltak be, hogy a dopamin transzporter ( DAT ) promóter szignifikáns hipermetilezése volt az alkoholfüggőséggel rendelkező személyekben, akiket obszesszív-kompulzív ivás szempontjából értékeltek 5 . Ezért feltettünk egy hipotézist, miszerint a rendellenes metilezés fontos szerepet játszhat az OCD patogenezisében. Tudomásunk szerint azonban eddig nem számoltak be az OCD genomszintű metilezési elemzéséről.

Ebben a tanulmányban genom-szintű DNS metilezési vizsgálatot hajtottunk végre a kínai han populációban. A differenciálisan metilezett lókuszok szerint a jövőbeni epigenetikai kutatások eredményei nagyszerű ígéreteket tehetnek a biomarkerek és az OCD kezelése szempontjából, tekintve, hogy az epigenetikai folyamatok megfordulhatnak.

Eredmények

Diferenciális metilezés

Hatvanötven OCD-ben szenvedő beteg és 96 egészséges kontroll alany nem mutatott szignifikáns különbségeket demográfiai adatok, például életkor és nem szempontjából (1. táblázat).

Teljes méretű tábla

Két csoport között összesen 8417 próbát azonosítottak diferenciálisan metilezettként (1. ábra és 2. táblázat). A próbák körülbelül 72, 62% -ánál (n = 6116) differenciálisan metileztek az OCD csoportban, összehasonlítva az egészséges kontroll alanyokkal. A 8 417 próba 2190 egyedi génnek felel meg. A szignifikáns próbák közül 2478 lókusz egy 388 gén promoter-asszociált régiójában volt (a transzkripció kezdő helyét körülvevő), 4 013 lókusz található 937 gén CpG-szigetein. Ezen lókuszok közül 1622 egyaránt promóter-asszociált és a CpG-szigeteken található (2. táblázat). Ezenkívül a korrigált β- értékekre vonatkozó többdimenziós skálázási görbék tovább erősítették a próbaintenzitás megkülönböztetését a metilezési szintnél az OCD betegek és az egészséges kontroll alanyok között (2. ábra).

Image

A DNS-metilezés kromoszómális eloszlása ​​az Illumina IHumanMethylation450 próbákban olvasható. Az X tengely a próbák helyzetét mutatja 22 autoszómális kromoszómán keresztül. Az Y tengely az egyes kromoszómákban leképezett olvasási szám.

Teljes méretű kép

Teljes méretű tábla

Image

Az X- és az Y-tengely a kontroll alanyok és az OCD-ben szenvedő betegek átlagos β- értékeit képviselte. A kék pontok a szignifikáns próbák, amelyek megfelelnek a következő két kritériumnak: diffrakciós ≥20 ( P <0, 01), valamint a delta β- érték ≥ 0, 05.

Teljes méretű kép

A várt módon a megváltozott DNS-metilezés többnyire a CpG-szigeteken történt (28, 39% nem igazított, 33, 12% kiigazított; 4, 013 / 8, 417). A CpG-szigetekben a próbadarabok aránya a módosított eredményekben differenciálva metilezõdött szignifikánsan magasabb, mint a CpG-szigetekben található próbák aránya az egész tömb egészében (összesen 31, 13%; P = 1, 26E-05). Ezenkívül a rendellenes DNS-metilezés magas százaléka történt a promoterrel asszociált régiókban (12, 83% nem igazított, 17, 82% kiigazított; 2, 478 / 8417). A nem korrigált eredmények aránya szignifikánsan kisebb volt, mint a tömbökben található promoter régiók aránya (összességében 21, 34%; P = 6, 08E-04).

Génjegyzéket állítottunk elő olyan gének alapján, amelyeket korábban genetikai és / vagy DNS-metilezési vizsgálatokból állapítottak meg OCD-vel, amely magában foglalta az agy citoplazmatikus RNS 1-jét ( BCYRN1 ), BRO-c-t ( BCOR ), a fibroblaszt növekedési faktort 13 ( FGF13 ), arisztámatlan rokon homeobox ( ARX ), efrin B1 ( EFNB1 ); a kappa könnyű polipeptid génjavító inhibitora B-sejtekben, gamma-kináz ( IKBKG ); belső mitokondriális membrán 17 homológ B (élesztő) transzlokációja ( TIMM17B ); poliglutamin kötő protein 1 ( PQBP1 ); glükóz-6-foszfát dehidrogenáz ( G6PD ); Rho GTPáz aktiváló 6-os protein ( ARHGAP6 ); klorid feszültséggel rendelkező 5. csatorna ( CLCN5 ), és így tovább. Ezeket a géneket differenciálódva metileztekként azonosítottuk a beállítás után (3. táblázat). Ebben a tanulmányban néhány más, több mint 3 szignifikánsan differenciálódott metilezett lókuszt tartalmazó gén, beleértve az 5-hidroxi-triptamin (szerotonin) 2C ( 5HT2C ) receptort, a dopamin receptor D5 ( DRD5 ), a BTB (POZ) domént, amely 3-at ( BTBD3 ) tartalmaz, amelyeknek szintén van korábban számoltak be az OCD 3, 4, 5, 6 kockázatáról. Stewart et al . A 7 beszámolt egy SNP rs6131295 BTBD3 gén közelében OCD-vel kapcsolatos genom szintű szignifikanciájáról ( P = 3.84E-08). Ezenkívül az rs6131295 cis-eQTL hatást mutatott a BTBD3-ra a frontális kéregben ( P = 0, 028), egy olyan régióban, amelyet többször bevontak az OCD-be. Ebben a tanulmányban azt találtuk, hogy a BTBD3 gén hipomehilációt mutatott OCD betegekben is, összehasonlítva az egészséges kontroll alanyokkal. Megállapításaink, valamint az OCD korábban közzétett fogékony génjei együttesen arra utaltak, hogy sokkal több genetikai vagy epigenetikus rendellenesség lehet az OCD-ben.

Teljes méretű tábla

Klaszteranalízis

Klaszterelemzést végeztünk a differenciális metilezés legfontosabb próbáiról , amelyek szignifikánsan metiláltak diffrakciós ≥ 20, delta β > 0, 1, P <0, 01 esetén. Az életkor és a nemek kiigazításakor a β- értékek két különálló klasztert fedeztek fel, az egyik főként OCD betegeket tartalmazott (67, 74%), a másik főként kontrollokat (72, 87%; 2. kiegészítő ábra). Az 1. klaszterben szignifikánsan több OCD-vel szenvedő beteg volt az egészséges kontroll alanyokhoz képest (Chi-négyzet = 26, 011; df = 1; P = 3, 41E-07). A három elemzés eredményeinek együttes értelmezésével megerősítettük, hogy a 65 beteg közül legalább 12 jól megkülönböztethető a kontrolloktól.

Az út elemzéséhez számos olyan útvonalat találtunk, amelyek az OCD-vel kapcsolatos, differenciáltan metilezett géneket tartalmazzák, mint például az aktin citoszkeleton szabályozása (KEGG hsa04810), sejtadhéziós molekulák (CAM, KEGG hsa04514), aktin kötés (GO: 0003779), transzkripciós szabályozó aktivitás (GO : 00016563) stb. (4. táblázat).

Teljes méretű tábla

Vita

Ebben a tanulmányban beszámoltak a differenciális DNS-metilezésről OCD-ben, genom-szintű metilezési tömb alkalmazásával, amely nagyon széles körűen lefedi a humán genom potenciális metilezési helyeit. Tudomásunk szerint ez az első jelentés az OCD differenciálisan metilezett génjének genomszintű asszociációjáról az OCD-vel rendelkezők és a kontroll csoportok között a kínai han populációban. Az életkorhoz való igazítás után 8 417 próbát, amely 2190 egyedi génnek felel meg, differenciálisan metileztek. Ha összehasonlítottuk a diferenciálisan metilezett génlistát a perifériás vérmintákat használó korábbi vizsgálatokkal, akkor magas konkordanciaarányt találtunk, különösen azoknál a géneknél, amelyeket korábban kapcsolatban álltak OCD-vel.

Az egyik azonosított gén az agy citoplazmatikus RNS 1 ( BCYRN1 ), a BCL-6 társrepresszor ( BCOR ), amely megváltoztatta a DNS metilezését a jelen vizsgálatban, valamint más metilációs vizsgálatokban. A BCYRN1 egy neurális kicsi, nem messenger RNS- t kódol, tagja az átlapolt ismétlődő DNS családjának, amelyről azt jelentették, hogy szerepet játszik az Alzheimer-kórban és a rákban 8 . A BCOR-ról arról számoltak be, hogy epigenetikus mechanizmusok révén szabályozzák a mezenchimális őssejt működését 9 . Más, a jelen esetben differenciálisan metilezett gének a perifériás leukocita szöveti vizsgálatban tartalmazzák az FGF13-ot, ARX-et, HLA-DRB1-t stb., Amelyekről beszámoltak a 10, 11, 12, 13 epigenetikával kapcsolatos egyéb betegségben résztvevőkről is. Ezenkívül a differenciálisan metilezett gének funkcionális jelentőségét a génexpresszióval is meg kell vizsgálni.

Ebben a tanulmányban a genom egészére kiterjedő perifériás vér leukocita DNS metilezési mikroarray-kat, valamint a differenciális metilezés legfontosabb szondáinak felügyelet nélküli csoportosítása két különálló csoportot derítettünk fel az életkor szerinti nem és a metilezési PC-k alapján. Az 1. klaszter 67, 74% -ban OCD és 27, 13% kontrollt, míg a 2. klaszter 32, 26% OCD és 72, 87% volt.

A klaszterelemzés két alcsoportot tárt fel az OCD-n belül. Lehet, hogy e két alcsoportnak van specifikus tüneti profilja, amely további vizsgálatot igényel az átfogó klinikai kórtörténetű mintákban. Az OCD esetében számos irodalom számolt be arról, hogy a genetikai és környezeti kockázati tényezők hozzájárulhatnak a betegség fogékonyságához. Ritka irodalmakban olyan specifikus metilezési rendellenességekről számoltak be, amelyek hozzájárulnak a kockázathoz vagy a betegséghez. A lehetséges zavaró tényezők (életkor, nem, metilezési PC-k, 1. mintavételi pont Pekingben és 2. Guangzhou) pontosítását követően a BROC, BCYRN1, HLA-DRB1, ARX stb. Differenciálisan metileztek az OCD-betegek és az egészséges kontroll között alanyok. Érdekes módon ezek olyan gének voltak, amelyeket korábban úgy találtunk, hogy az OCD-vel társulnak. Ciesielski et al . számolt be arról, hogy a leptin receptor (cg21655790) transzkripció kezdőpontja közelében lévő lokusz alacsonyabb metilezési szintet mutatott prenatális pszichiátriai betegségben szenvedő (depresszió, szorongás, OCD vagy pánik) anyák csecsemőinél. Ezenkívül Stewart et al . számoltak be az OCD első, genomra kiterjedő asszociációs vizsgálatáról (GWAS) multietnikus mintákkal, ideértve az OCD- vel társított DLGAP1, BTBD3- t ( P < 10–6 ) 7 . Ebben a tanulmányban 3 differenciális metilezett helyet találtunk a BTBD3- on és 2 helyet a DLGAP2-n is , amelyek arra utaltak , hogy a két gén fontos szerepet játszhat az OCD patogenezisében. A lehetséges következményeket azonban a jövőben tovább kell vizsgálni.

Sabunciyan és munkatársai szintén beszámoltak az első, genomra kiterjedő DNS-metilezési vizsgálatról a depresszió zavarában (MDD), és a legnagyobb DNS-metilezési különbségeket a PRIMA1-ben találták, 12–15% -kal megnövekedett DNS-metilezéssel MDD-ben ( P = 0, 0002– 0, 0003) 14 . Ebben a tanulmányban azt találtuk, hogy több gén metilációs rendellenességeket mutatott az OCD-ben. Türksoy beszámolt arról, hogy a B12-vitamin, folát és homocisztein fontos szerepe van a szénátviteli anyagcserében (metilezés), amelyre szükség van a szerotonin, valamint más monoamin-neurotranszmitterek és katecholaminok előállításához.

Adataink azt mutatják, hogy az OCD epigenetikus változásainak tanulmányozása ígéretet tesz az OCD diagnosztikai és prognosztikai biomarkereinek jövőbeni kifejlesztésére, valamint olyan terápiás lehetőségeket, amelyek okozati epigenetikai változásokat céloznak meg. Szeretnénk azonosítani a vér szövetekben a DNS-ben fellépő rendellenes metilezési profilokat, és megvizsgálni, hogy a megállapítások visszafordíthatók-e olyan diagnosztikai szempontból megvalósítható szövetekbe, mint például a vér vagy a nyál. Az OCD eredetének megértése szempontjából is fontos lesz a DNS metilezési változásainak azonosítása. Az irodalom szerint a megváltozott DNS-metilezés előfordulhat a terhesség és a születés közötti kritikus fejlődési időszakokban 15 . Ha a DNS-metilezési státust befolyásoló gén-környezeti kockázati tényezők azonosíthatók, az OCD előfordulását valószínűleg csökkenthetjük a környezeti kiváltók megcélzása révén. Összerakva az OCD patogenezisének rejtvényeit, tovább kell vizsgálni, hogy a gén-környezet kölcsönhatások hogyan befolyásolják az epigenetikus haladást. Ezen évek során számos tanulmány készült a genetikai polimorfizmusoknak az mRNS expressziójára gyakorolt ​​hatásáról OCD-ben, de kevés kutatás mutatta be, hogy a polimorfizmusok hogyan befolyásolják a gén expresszióját a DNS metilációja révén. A polimorfizmusok és a környezet kölcsönhatásainak az epigenetikára gyakorolt ​​hatásainak vizsgálata tovább javítja az OCD patofiziológiájának megértését. Izgalmas lehetőség lehet a sejtvonalakban a DNS-demetiilációt közvetítő enzimek azonosítása mint terápiás beavatkozás potenciális célpontjai, amelyek kulcsa lehet a pszichiátriai betegség megfordításának 16 .

Ez a tanulmány egy melegítés OCD-ben való nagyon előzetes feltárása, részben azért, mert nagyon kicsi a minta mérete, és különálló kórházból vett betegeket, amelyek szelekciós torzítást okozhatnak. Másrészt kizártuk néhány olyan fizikai betegséggel kapcsolatos esetet, amelyek némileg korlátozhatják a minta méretét. A jövőben kibővítjük a mintát, és előzetes megállapításainkat független mintában ellenőrizzük. A jelen vizsgálat további korlátozása az volt, hogy a betegek nem voltak mentesek anti-OCD gyógyszerektől, és az antipszichotikus gyógyszerek befolyásolhatják a DNS metilációját 17 . A jövőben sokkal megfelelőbb kritériumok alapján fogunk felvenni a korábban droggal nem kezelt, OCD-ben szenvedő betegeket, és feltárjuk az OCD elleni gyógyszerek metilezésének és terápiás hatásainak kapcsolatát.

Mód

A módszereket az elfogadott iránymutatásoknak megfelelően hajtották végre.

Etikai nyilatkozat

Ezt a tanulmányt a Mentális Egészségügyi Intézet, a Hatodik Kórház, a pekingi egyetem és a Guangzhou Pszichiátriai Kórház orvosi kutatási etikai bizottsága hagyta jóvá. Minden résztvevőtől írásbeli tájékozott beleegyezést szereztek.

témák

Hatvanöt OCD beteget és 96 egészséges kontroll alanyt vettünk be a hatodik kórházból, a pekingi egyetemből és a Guangzhou pszichiátriai kórházból. A konszenzusos diagnózist legalább két tapasztalt pszichiáter készítette, a mentális egészség diagnosztikai és statisztikai kézikönyvéből (DSM-IV) 18 származó primer OCD kritériumai szerint. Valamennyi eset, a kontrollok vagy szüleik Kína északi régióiban születtek. A kizárási kritériumok magukban foglalhatják a súlyos krónikus fizikai betegségeket, mint például a rák, cukorbetegség, asztma, rák és szívbetegségek, epilepszia vagy más primer pszichiátriai rendellenesség, a DSM-IV kritériumok szerint, a skizofrénia, bipoláris zavar, alkoholfogyasztás társbetegség-diagnózisa és egyéb idegrendszeri rendellenességek.

Az OCD súlyosságát a Yale-Brown obszesszív kényszeres skálán (Y-BOCS) 19 határoztuk meg. Az OCD kezdeti átlagéletkora 22, 1 ± 8, 5 év volt, míg az OCD átlagos időtartama 32, 4 ± 10, 1 hónap volt az adott csoportban. Az egészséges kontroll alanyok és a kapcsolódó adatok a Pekingi Egyetem Egészségügyi Minisztériumának (Hatodik Kórház) Mentális Egészségügyi Fő Laboratóriumának adatbázisából származtak. Mindannyian észak-kínai. Az esettanulmány-tervezés alapvető elemének ellenőrzése céljából csak bevontuk az egyes esetekhez illesztett kontrollt életkor (± 5 év) és nem szerint további elemzés céljából. Az egészséges kontroll alanyokat szintén kizárták, ha diagnosztizáltak, vagy OCD-ben vagy más DSM-IV szerinti pszichiátriai rendellenességben vagy fizikai betegségben szenvedtek. A kor és a nem közötti gyakorisági illesztési módszereket 65 OCD-eset és 96 egészséges kontrollcsoport között alkalmazták ( p > 0, 05, 1. táblázat).

Illumina Infinium HumanMethylation450 Beadchip

A genomiális DNS mintákat a QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN) segítségével extraháltuk, és –80 ° C-on tároltuk. A minták minőségének ellenőrzését Nanodrop spektrofotométerrel (Nanodrop, Wilmington, DE, USA) végeztük, és felbontást 0, 8% agaróz gélen végeztünk. A mintákat biszulfitból alakítottuk át Zymo EZ DNS Methylation kit segítségével (Zymo Research, Irvine, CA, USA). A 20, 21-es metilezési elemzésben a GenomeStudio ChIP v2011.1 szekvenáló modult (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA) az alapértelmezett Illumina beállításokkal és az Illumina HumanMethylation450 manifest fájljaival ellátott 1.9.0-as metilációs modullal ellátott szoftverrel és az Illumina HumanMethylation450 manifest fájlokkal használtuk. Az Infinium platformon végzett vizsgálatok több mint 485 000 CpG-helyet tartalmaznak, amelyek a RefSeq gének 99% -át lefedik. A Beadchip lefedi a CpG-szigetek 96% -át, a partokat (a CpG-szigetektől 2 kb-en belül) és a polcokat (> 2 kb a CpG-szigetektől), valamint a partokat is. Lefedheti a CpG-szigeteken kívüli helyeket, a DNáz túlérzékeny helyeket, valamint a beépítő miRNS promóter régiókat is. Az összes Illumina-minőségi ellenőrzés a következő kontrollokat tartalmazta: mintától független, mintától függő, festés, meghosszabbítás, cél eltávolítása, hibridizáció, I és II biszulfit konverzió, specifitás, nem polimorf és negatív kontrollok 22 .

Adatfeldolgozás

Az Illumina GenomestudioV2011 programot (Illumina Ltd.) analizáltuk a BeadArray adatokkal, hogy az egyes CpG helyekhez helyspecifikus DNS-metilezési β- értékeket rendeljünk. A Beadchips-et két különböző színű, fluoreszcensen jelölt nukleotidnak vetjük alá, amelyek mindegyike megfelel a biszulfit-átalakított nukleotid citozin (metilált, M) vagy uracil (metilálatlan, U) identitásának egy adott CpG-helyen. A metilezés arányát ( β ) a következőképpen számoltuk: β = Max (M, 0) / [Max (M, 0) + Max (U, 0) + 100]. Az egyes próbák metilezési státusát β- értékként (0 ~ 1 tartományban) számítottuk, amely az alacsony vagy magas metilációs szintet képviseli 21, 22 . Az átfedések további szűrése után 386 135 próbát hagytak el a végső elemzéshez. P > 0, 05 azt jelezte, hogy az adatpontok nem különböztek szignifikánsan a háttér mérésektől.

Diferenciális metilezés detektálása

Az eset- és a kontrollcsoportok metilezési különbségeinek felmérése érdekében az eredeti 386 135 β- értéket M- értékre konvertáltuk a logit transzformációval 23 . A differenciálisan metilezett próbákat a Bioconductor Limma csomag (3.2 verzió) 23, 24, 25 alkalmazásával detektáltuk . Az egymintás Kolmogorov-Smirnov teszttel a metiláció β- eloszlási tesztjének feltárására megállapítottuk, hogy a KS- teszt z- értéke 0, 493 volt, ami azt sugallta, hogy az eloszlás normális (Gauss-eloszlás). Ezért a lineáris regressziós analízist a két csoport közötti differenciálisan metilezett próbák további detektálására használtuk két csoport között, korrigált potenciális összetévesztő kovariáns tényezőkkel (életkor, nem, metilezési PC-k, 1. mintavételi pont Pekingben és 2. Guangzhou esetében). A P- értékek kiigazításához a Bonferroni, a Benjamini-Hochberg és a téves felfedezési arány (FDR) módszereket alkalmaztuk. A próbákat differenciáltan metilezettnek tekintettük, ha a P <0, 05-et beállítottuk. A megfelelő géneket a próbákhoz kapcsolódó génjegyzetekből származik.

Nem felügyelt klaszterelemzés

A további klaszteranalízishez kiválasztottuk a 3000 legfontosabb különféle metilezett próbát a további klaszteranalízishez, a rekurzív módon megosztott keverékmodell (RPMM) 27, 28 alkalmazásával . Az életkorhoz való igazításhoz egy lineáris modellt illesztettünk az M- értékekhez (logit-transzformált β- értékek) a Limma csomag és az R szoftver segítségével. A minták közötti távolság megjelenítéséhez és a klaszterezés további megerősítéséhez multidimenziós skálázást végeztünk Euklidész-távolsággal (2. ábra).

Út elemzése

A differenciálisan metilezett géneket (Freq ≥ 2) választottuk a funkcionális és útvonal-alapú annotációhoz. Az útvonalak adatait két tipikus és nyilvános útvonaladatbázisból vették ki, a Kyoto Encheslopedia of Genes and Genomes (KEGG) (//www.kegg.jp/kegg/pathway.html), valamint a Gene Ontology (GO) (www.geneontology). .org) (4. táblázat).

további információ

Hogyan idézhetjük ezt a cikket : Yue, W. et al . Genom-szintű DNS-metilezési elemzés obszesszív-kompulzív rendellenességben szenvedő betegekben. Sci. Rep. 6, 31333; doi: 10.1038 / srep31333 (2016).

Kiegészítő információk

PDF fájlok

  1. 1.

    Kiegészítő információk

Hozzászólások

Megjegyzés benyújtásával vállalja, hogy betartja feltételeinket és közösségi irányelveinket. Ha valami visszaélésszerűt talál, vagy amely nem felel meg a feltételeinknek vagy irányelveinknek, kérjük, jelölje meg, hogy nem megfelelő.